La Hermandad del Refugio, compuesta por algo más de 400 Hermanos, está dirigida por una Junta de Gobierno integrada por las diferentes Vocalías que se encargan de las distintas actividades que desarrolla la Institución (Consiliario, Ejercicios, Colegio, Iglesia, Economía, Contaduría, Mayordomía, Voluntariado, etc…), bajo la dirección del Hermano Mayor Presidente.
La Junta de Gobierno eleva sus propuestas a la Junta General, órgano integrado por todos los Hermanos, que toma las decisiones más relevantes para la institución.
El Coordinador reporta a la Junta de Gobierno y a cada vocalía correspondiente y se encarga de velar por el buen funcionamiento de la institución, y a representarla en los asuntos que así se considere necesario. Es también el nexo de unión con el Personal de Administración y Servicios de la Hermandad.

ÓRGANO DE GOBIERNO
HERMANO MAYOR-PRESIDENTE
EXCMO. SR. D. FERNANDO RAMÍREZ DE HARO Y VALDÉS
CONDE DE BORNOS
VICEPRESIDENTE Y VOCAL DE COLEGIO
ILMO. SR. D. VÍCTOR TARRUELLA DE ORIOL
CONDE DE CAMPO REY
CONSILIARIO Y VOCAL DE SAN PLÁCIDO
SR. D. JUAN IDARRETA GABILONDO
SECRETARIO DE GOBIERNO
SR. D. JOAQUÍN BURKHALTER THIÉBAUT
CONTADOR MAYOR
SR. D. JOSÉ LUIS LÓPEZ -SORS RUÍZ
CONTADOR 2º
SR. D. GONZALO SOLANA DE LA PUERTA
MAYORDOMO
SR. D. MIGUEL ANGEL CORTÉS MARTÍN
VOCAL DE EJERCICIOS
SRA. Dª CARIDAD SAINZ DE VICUÑA
VOCAL DE IGLESIA
SR. D. CARLOS BURGUETE BUIZA
VOCAL DE HERMANOS Y VOLUNTARIADO
SR. D. CARLOS LAVILLA URIOL
VOCAL ADJUNTO A PRESIDENCIA
SRA. Dª ALICIA GÓMEZ - TRENOR DE AGUILAR
VOCAL DE ASUNTOS RELIGIOSOS
RVDMO. P. D. DANIEL ROJO FERNÁNDEZ
